Mikrobiyota, bir organizmanın (örneğin insan vücudu) yüzeyinde veya içinde yaşayan mikroorganizma topluluğudur. Mikrobiyota, organizmanın sağlığı üzerinde önemli bir etkiye sahip olan faydalı mikroorganizmaları da içerir. İnsan mikrobiyotası, cilt, ağız, burun, bağırsaklar ve diğer bölgelerde milyarlarca bakteri, mantar ve diğer mikroorganizmalar içerir. Bu mikroorganizmalar, gıdaların sindirimi, vitaminlerin üretimi ve bağışıklık sistemimizin düzenlenmesi gibi bir dizi önemli işlev için gereklidir. Mikrobiyotanın dengesi, sağlıklı bir vücut için önemlidir ve dengenin bozulması, birçok sağlık sorununa neden olabilir.